Pour le compte de sa tutelle, l’Agence assure un rôle d’opérateur immobilier et de maître d’ouvrage de plein exercice en intervenant sur la définition de nouveaux programmes immobiliers − en collaboration avec les directions centrales ministérielles − ainsi que sur des problématiques liées à l’immobilier : maîtrise du coût de la construction, politique d’assurances, développement durable, et exploitation-maintenance. Elle conduit également les recherches et acquisitions foncières pour le compte de la Chancellerie.
L’attribution de la maîtrise d’ouvrage de plein exercice permet à l’Agence d’agir au nom du ministère de la Justice ; la Chancellerie conserve ses prérogatives essentielles relatives à la décision d’investir, la fixation des données de cadrage stratégiques, l’approbation des projets et le contrôle des conditions de réalisation des missions confiées à l’Agence. Ces dernières s’exercent notamment par l’approbation des décisions du conseil d’administration et de la tutelle de l’établissement public.
En amont de ses compétences de maître d’ouvrage pour le compte du ministère, l’Agence est également un acteur de premier rang pour la gestion des acquisitions foncières et des procédures associées (déclaration d’utilité publique, expropriation…). Les deux fonctions de maîtrise d’ouvrage et d’opérateur foncier favorisent la maitrise des délais de réalisation des opérations et la lisibilité de l’action de l’Agence.